В последующие столетия развитие познаний в области биологии усилило парадокс "психика/тело", и возник конфликт между научными и религиозными идеями. Противостояние достигло наивысшей точки примерно в семнадцатом веке с возникновением дуализма Рене Декарта, который определил физическое "я" как закрытую систему, управляемую только физическими законами. Разум, или психика, по его мнению, не могут быть объяснены с помощью физических понятий. И хотя Декарт утверждал, что душа находится в шишковидной железе

(небольшом конической формы образовании в мозге), он считал, что разум работает независимо от мозга, без помощи других частей тела или чувств. "Человеческая воля, — писал Декарт, настолько свободна, что ее невозможно ограничить".

Дуалистическая философия Декарта была поддержана множеством последователей, которые неизбежно запутывались в противоречиях этой системы. Разногласия возникали даже в таких вопросах, как есть ли душа и разум у животных. Большинство картезианцев утверждало, что животные похожи на механизмы и могут функционировать без души и разума. Картезианцы называли это "животным автоматизмом".

Другой спорный вопрос состоял в том, руководит ли разум телом или тело руководит мыслительными процессами. Те кто утверждал, что душа существует вечно, независимо от смертного тела, пытались прояснить судьбу души после того, как она покинула смертное тело. Все эти философские рассуждения привели к возникновению множества течений, таких как эпифеноменализм и окказионализм. Утверждалось, что поскольку Бог — единственная причина существования вещей, человек может делать ошибки независимо от заблуждений, в которые дьявол вводит человека. Если разум и тело настолько разделены, как они могут влиять друг на друга, кроме как при прямом вмешательстве Божьей воли? Как вещи, подобные завершенности и целеустремленности, могут вовлекаться во взаимодействие разума и тела? Действительно ли душа нетленна из-за своего божественного происхождения?

Рационализм Декарта не мог дать ответы на все эти вопросы, но были сделаны попытки свести концы с концами с помощью христианских догматов. Однако религиозные выводы о связи разума и тела были оспорены протестантскими группами, утверждавшими, что связь разума и тела должна иметь более материальное объяснение. Сильным противовесом дуалистической теории была старая монистическая теория субстанции, первоначально выдвигавшаяся рядом древнегреческих философов и позднее развитая Спинозой и Гегелем, которые утверждали, что в мире ничто не может быть независимым от всего остального. Это относилось также к телу и разуму — одно не может быть отделено от другого.

Существовало множество последователей эмпирических идей Фрэнсиса Бэкона, Локка, Беркли и Юма, противостоящих рационализму и доказывающих, что дуализм Декарта не может быть подтвержден опытным путем. Мыслительные процессы тесно связаны с телесными реакциями, и наоборот. Психические проявления являются результатом развития физиологических процессов. Данная точка зрения подкреплялась теорией Дарвина о происхождении человека, а позднее — достижениями нейрофизиологии, психосоматической медицины и психодинамики.